Una vez el individuo adquiere la infección se establece la fase aguda, que dura aproximadamente de 4-6 semanas; en esta etapa, al menos el 50% de los infectados presentan un conjunto de síntomas y signos variables que se conocen como síndrome retroviral agudo y que puede incluir fiebre persistente, faringitis, dolores de cabeza, náusea, vómito, diarrea y brote en la piel, entre otros.
Sin embargo, el diagnóstico en esta etapa se hace en <10% de los afectados. Pasado este tiempo se establece la fase crónica de la infección, la cual inicialmente se caracteriza por una latencia clínica es decir es una etapa en la cual no se presentan signos de que haya alteraciones severas del sistema inmune. La infección sigue progresando lentamente lo cual se hace evidente con un aumento paulatino de la carga viral en sangre y una eliminación de aproximadamente 50 linfocitos T en sangre por año. Sin embargo, pueden existir cambios mayores en estos dos parámetros que aceleren el desarrollo del sida, normalmente asociados a coinfecciones, o a cualquier tipo de estímulo del sistema inmune. En este periodo, el paciente puede presentar manifestaciones clínicas variables como linfadenopatías persistentes (inflamación de los ganglios) y candidiasis oral (hongos en la cavidad oral), entre otras.
Cuando el recuento de linfocitos T alcanza un nivel crítico, usualmente menos de 200 células / ul de sangre se entra en la fase avanzada de la infección o SIDA la cual se caracteriza por la presencia de enfermedades oportunistas, neoplasias o enfermedades autoinmunes que son las que normalmente llevan a la muerte de la persona infectada.