Si bien los avances recientes en el desarrollo de medicamentos antirretrovirales han permitido aumentar la calidad y expectativa de vida los individuos infectados, existen los siguientes efectos asociados a su uso que se deben tener en cuenta.
Por la toxicidad que tiene estos medicamentos se pueden asociar al desarrollo de afecciones cardíacas, insuficiencia renal, hipertrigliceridemia y osteoporosis.
El virus tiene una capacidad de mutación (de cambio) muy grande por lo que puede desarrollar resistencia a los medicamentos que se están recibiendo (es decir que dejan de controlar la replicación); estas mutaciones ocurren en forma natural pero también se presentan más frecuentemente cuando los pacientes omiten una o varias dosis de los medicamentos. De hecho estas cepas resistentes circulan cada vez con mayor frecuencia y una persona recién infectada, que aún no ha recibido terapia antiviral, puede ya presentar cepas virales con resistencia a uno o varios de los medicamentos que están actualmente en uso.