Una persona infectada que se exponga nuevamente al virus puede re-infectarse con una cepa diferente. La dificultad mayor en esta situación es que existen cepas que pueden ser más virulentas (causar más daño) o que sean resistentes a algunos de los medicamentos disponibles. Por lo tanto una persona que se reinfecte puede progresar más rápidamente hacia el SIDA y puede no ser tan susceptible a los diferentes medicamentos antirretrovirales que existen, haciendo más difícil el control de la infección.