El desarrollo de una infección oportunista en una persona infectada con VIH depende de varios factores, entre los cuales se destacan los siguientes:
El grado de compromiso del sistema inmune que tenga el paciente, es decir que tan alterado está este sistema, el cual puede ser definido en parte por el recuento de los linfocitos T CD4+.
La infección previa o la exposición al microorganismo que causa este tipo de infecciones, por ejemplo Pneumocystis jiroveci e Histoplasma capsulatum los cuales son hongos que ocasionan enfermedades respiratorias.
El grado de virulencia del patógeno en relación con el estado inmune del paciente.