La enfermedad oportunista es causada por microorganismos que habitualmente no afectan a las personas que tienen un sistema inmune competente (sano). Cuando el sistema inmune se altera, el microorganismo encuentra la “oportunidad” para causar enfermedad. La mayoría de las personas se encuentra infectadas con estos microorganismos que eventualmente, si las condiciones se dan, empiezan a causar enfermedad, indicando que hay inmunodeficiencia, es decir que ya hay una alteración marcada del sistema inmune. Las enfermedades oportunistas no son exclusivas de pacientes infectados con el VIH, se pueden presentar en pacientes con otras condiciones asociadas con inmunodeficiencia, como pacientes con cáncer y pacientes trasplantados que reciben terapia inmunosupresora, entre otros.